MySQL 8.0

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CREATE TABLE datos (
      id_estacion INT,
      tipo_sensor INT,
      fecha DATE,
      hora VARCHAR(255),
      valor VARCHAR(255)
);

INSERT INTO datos VALUES
    (1,3,'2016-01-01','08:45:00','1147,97'),
    (1,3,'2016-01-01','09:00:00','1147,96'),
    (1,3,'2016-01-01','09:45:00','1147,96'),
    (1,3,'2016-02-01','08:00:00','1150,95'),
    (1,3,'2016-02-01','08:15:00','1150,95'),
    (1,3,'2016-02-01','08:30:00','1150,95'),
    (1,3,'2016-02-01','08:45:00','1150,96'),
    (1,3,'2016-02-01','09:00:00','1150,96'),
    (1,3,'2016-02-01','09:15:00','1150,96'),
    (1,3,'2016-02-01','09:30:00','1150,96');

Records: 10  Duplicates: 0  Warnings: 0


WITH cte AS(
SELECT datos.id_estacion, datos.fecha, hora, datos.valor,
       ROW_NUMBER() OVER (PARTITION BY datos.fecha ORDER BY fecha, hora) Rnum
FROM datos
WHERE id_estacion=1 
AND tipo_sensor=3 
AND DAY(fecha)=1) 

SELECT id_estacion, fecha, hora, valor
  FROM cte 
  WHERE Rnum=1;


id_estacion
fecha
hora
valor


1
2016-01-01
08:45:00
1147,97

1
2016-02-01
08:00:00
1150,95


SELECT a.id_estacion, a.fecha, a.hora, a.valor
  FROM datos a
  JOIN
(SELECT datos.id_estacion, datos.fecha, MIN(datos.hora) MinHora
  FROM datos
WHERE id_estacion=1 
AND tipo_sensor=3 
AND DAY(fecha)=1
  GROUP BY datos.id_estacion, datos.fecha) b
ON a.id_estacion=b.id_estacion
  AND a.fecha=b.fecha
  AND a.hora=b.MinHora;


id_estacion
fecha
hora
valor


1
2016-01-01
08:45:00
1147,97

1
2016-02-01
08:00:00
1150,95